Воспитанник санкт-петербургской СДЮШОР «Зенит», где занимался с 1993 года. Первый тренер — В. И. Петров; затем тренировался под руководством Сергея Романова. На взрослом уровне начинал в клубе «Светогорец» (Светогорск) под руководством Владимира Казачёнка, провёл там 2 сезона, после чего подписал контракт с «Зенитом». В основной состав пробился почти сразу же, уже в 2001 году попав в список 33-х лучших футболистов России. Это ему удавалось 5 лет подряд. Кроме того, в дебютный сезон Кержаков стал бронзовым призёром чемпионата России. В 2002 году был признан лучшим молодым игроком премьер-лиги[источник не указан 181 день] и принял участие в чемпионате мира в Японии и Корее. В 2003 году Кержаков стал серебряным призёром чемпионата России. Ещё год спустя забил 18 голов в премьер-лиге, став лучшим бомбардиром турнира. Был одним из лучших игроков клуба в еврокубках. Забил несколько важных мячей, в том числе и испанской «Севилье», которая захотела его приобрести, но сделка состоялась лишь спустя полгода. К тому времени Кержаков уже не играл в основном составе «Зенита». Несмотря на это, в испанском клубе игра у него пошла, первые несколько матчей Кержаков провел на хорошем уровне, помог команде завоевать Кубок УЕФА 2006/07, за что впоследствии получил звание заслуженного мастера спорта России. Кроме того, Кержаков стал обладателем Кубка и Суперкубка Испании 2006/07. Однако постепенно он потерял место в основном составе испанцев, а с уходом Хуанде Рамоса в «Тоттенхэм» стал часто оставаться за пределами заявки на матч.
В итоге Кержаков вернулся в Россию и перешёл в московское «Динамо», которое заплатило за форварда 8 млн евро. В 2008—2009 гг. играл на хорошем уровне, забив несколько важных мячей. 16 января 2010 года Кержаков вернулся в «Зенит», подписав контракт на 4 года. Сумма трансфера составила 6,5 млн евро.
