2 марта Алекс был представлен команде и провёл первую тренировку со «Спартаком». В клубе Алекс получил 12-й номер. 15 марта Алекс дебютировал в составе «Спартака» в матче 1-го тура чемпионата России с «Зенитом»; главный тренер «Спартака» Микаэль Лаудруп остался доволен дебютом бразильца. Во втором туре, с краснодарской «Кубанью», Алекс не реализовал пенальти, а его команда проиграла 0:1.

5 апреля в 3-м туре чемпионата России в домашней игре против «Спартака» из Нальчика Алекс забил свой первый гол за «Спартак». Дебютный гол Алекса, забитый прямым ударом со штрафного, получился очень красивым. Этим мячом Алекс открыл счет в матче на 44 минуте, в итоге гол оказался победным в игре, закончившейся со счетом 2:0 в пользу спартаковцев.

По итогам своей игры в конце сентября был вызван в сборную Бразилии. После игры 23-го тура, когда его команда победила «Томь» со счётом 5:0, Алекс высказался относительно своего возможного участия в играх сборной Бразилии:

4 октября в матче с «Амкаром» Алекс вывел «Спартак» на поле в качестве капитана команды. Алекс выиграл в составе «Спартака» серебряные медали чемпионата России, чем был расстроен. По окончании сезона он был признан лучшим центральным полузащитником чемпионата России. По мнению спортивного телекомментатора Георгия Черданцева, вся игра «Спартака» в сезоне 2009 была построена на Алексе.

В первом матче «Спартака» в 2010 году Алекс выступил не очень удачно, но уже во второй игре с питерским «Зенитом» сделал голевую передачу; игра завершилась вничью 1:1. В третьей игре сезона Алекс сделал две результативные передачи, которые привели к голам, принёсшим клубу победу над московским «Локомотивом». 25 апреля, в игре со «Спартаком-Нальчиком», Алекс получил две жёлтые карточки, при этом вторую бразилец заработал уже после финального свистка за неспортивное поведение. 6 мая Алекс забил свой первый гол в сезоне, поразив ворота «Анжи»; в этой же игре он вывел «Спартак» на поле в качестве капитана команды.